蛋白Marker是蛋白分子量標準，是一些已知分子量的蛋白質的混合物，像“尺子"一樣用來指示蛋白質條帶的大小。那么如何區分非預染蛋白Marker和預染蛋白Marker呢？讓我們一起來看看吧！

非預染蛋白Marker：

是幾種已知分子量并純化好的蛋白質預混液，方便不同大小的蛋白比較。非預染的Marker使用上不如預染Marker好用，因為電泳過程中完quan看不到，電泳結束后經過蛋白染色后才能起指示作用，無法在實驗過程中起預示參照作用，屬于“后知后覺"型的。但是由于蛋白沒有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以比較準確，可以精確判斷蛋白大小。

預混的Marker通常有幾條帶加倍濃度作為指示，因為混合的條帶越多，越不好記，誰知道哪條是那條！數到眼都花了。所以當看到特別濃的那幾條標志帶就記得是哪里了。不過要記得，小帶通常都不那么容易看清楚的。在選擇上來說，當然是選擇其中至少有一條條帶和自己的目的蛋白大小相近的最好，越近越好。

預染蛋白Marker是純化好的一些蛋白，通過與染料共價耦聯后混合在一起，在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。

預染蛋白Marker：

預染蛋白Marker的出現方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率——比如，已知垂直電泳最佳分辨區域大約在膠的2/3處，如果使用預染Marker就可以預測目標蛋白進入最佳分辨區時停止電泳以得到最佳分辨效果；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳；另外在Western Blot轉膜以后可以直接觀察蛋白轉膜是否完quan，還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員購買預染蛋白標準。

值得注意的是，預染蛋白Marker與染料共價耦聯，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白——不過多數情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白完quan一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，最后都需要Western來定性，所以如果不是要區分大小相近的條帶，預染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。

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